Die sichere Übermittlung der Nachrichten wird beim beA durch eine sogenannte Ende-zu-Ende-Verschlüsselung gewährleistet. Das heißt, eine Nachricht wird auf dem Ausgangscomputer verschlüsselt und bleibt solange verschlüsselt, bis sie beim Empfänger ankommt. Hier liegt beispielsweise ein großer Unterschied zu den herkömmlichen E-Mail-Programmen, die – wenn überhaupt – eine sogenannte Punkt-zu-Punkt-Verschlüsselung verwenden. Bei der Punkt-zu-Punkt-Verschlüsselung wird an jedem Server, der an der Nachrichtenübertragung beteiligt ist – und das können ziemlich viele sein – die Nachricht entschlüsselt und wieder verschlüsselt. Jeder Zwischenserver bietet daher die Möglichkeit, eine Nachricht zu lesen oder zu manipulieren. Bei der Ende-zu-Ende-Verschlüsselung des beA bleiben die Nachrichten während der gesamten Übertragung hinweg verschlüsselt, sodass außer dem Sender und dem Empfänger niemand vom Inhalt der Nachricht Kenntnis nehmen kann. Das gilt nicht nur für ambitionierte Hacker – auch die BRAK als Betreiber des beA oder der Systemadministrator der Kanzlei können die Nachrichten nicht lesen.

Damit stellt das beA-System sicher, dass Nachrichten durch Unbefugte weder geöffnet noch manipuliert werden können.