Der Datenschutz genießt bei der Entwicklung und dem Betrieb des beA-Systems einen ganz besonders hohen Stellenwert. Sämtliche im beA-System gespeicherten Nachrichten sind jederzeit verschlüsselt und deshalb sicher vor unbefugtem Zugriff. Die Rechnersysteme des beA befinden sich ausschließlich in Deutschland und unterliegen damit den strengen Vorgaben des deutschen Datenschutzrechtes.